公元1275年，元世祖忽必烈改复州为直隶复州路，路治设在沔阳镇。并迁玉沙县治于沔阳镇为附廓县。3年之后，改复州路为沔阳府，辖玉沙、景陵两个县。沔阳府隶属湖北道宣慰司。旋即，隶属河南江北行中书省（见《元史·地理志》）。

公元1355年春，出生于今洪湖市黄蓬山龙船矶的渔家之子陈友谅，高举义旗，领导农民参加了反对元朝统治的红巾军，因屡建战功，而被擢升为领兵元帅，他率部连克皖、赣、闽、浙大片地区，成为南方各支起义军中拓地最广、实力最强的武装力量。至公元1360年5月，陈友谅志满气盛，杀死仅拥虚位的徐寿辉，在今安徽省当涂县采石矶称帝，建立汉政权，建都江州（今九江市），后迁至武昌。陈友谅由于过早称帝，而大失人心，“其将士皆离心，且政令不一”（引自《明太祖实录》卷九）。公元1363年的7、8两月，陈友谅拥兵60万，与只有20万人的朱元璋大战于江西的鄱阳湖，因陈友谅“惟恃巨舰，未知军心惬怯”（引自《明太祖实录》卷一二），士气低落。结果，朱元璋采用火攻，把陈友谅用铁索联在一起的大舰焚毁不少；激战之中，陈友谅在九江口中流矢而亡。朱元璋部大获全胜。陈友谅建立汉政权虽然只有4年的时间，但他为推翻元朝的黑暗统治，在历史上立下了不可磨灭的功绩，他不愧为是元未农民起义的杰出领袖之一。他的故乡—黄蓬山，一向为一处游览胜地，也久负盛名。我党著名革命家董必武、罗章龙、李伟森、施洋等，曾于1922年、1927年先后两次到黄蓬山访陈友谅故里，并赋诗留念。于今，一睹陈友谅称帝时铸造的“大义通宝”古钱，然后到黄蓬山去游览古迹“华街”、“跑马岭”、“射凤台”、“打金场”、“梳妆台”等等，自然定会“犹记当年大泽人”（罗章龙诗句）。

公元1368年正月，朱元璋在应天府（今南京市）称帝，建立了大明朝廷。同年，沔阳府改属湖广行省（见《嘉靖沔阳志》）。行省所在地为现今武汉市的武昌）。公元1376年，沔阳府降级为沔阳州，直属湖广布政使司。并撤消玉沙县，其辖区划归沔阳州（见《明史·地理志》）。公元1531年，明世宗朱厚将安陆州升级为承天府（今钟祥），沔阳州隶属承天府（见《湖北通志》）。

公元1646年，清世祖福临改承天府为安陆府（见《读史方舆纪要》）。公元1763年，清高宗弘历改沔阳州隶属汉阳府。又于今日洪湖市新堤增置文泉县，隶属汉阳府隶分巡汉黄德道。公元1765年，撤销文泉县，其辖区划归沔阳州（见《清史稿》）。

明清时代，湖北江汉平原湖泊的演变情况，最可注目的当首推太白湖的淤填消失和洪湖的形成与扩展。洪湖之名始见于明《嘉靖沔阳志》：“上洪湖，在州东南一百二十里，又十里为下洪湖；受郑道，白沙、坝潭诸水，与黄蓬（湖）相通”。公元1465年至1521年，“南北江襄大水，堤防冲崩，湖河淤浅，水道闭塞，垸塍倒塌，水患无岁无之”，“江堤常溃见于车木”（今监利县车湾），“最患者茅埠江口（今新堤一带），更三十年不治，东南尽成水区矣”。足见洪湖系洪水潴积而成。但到了公元1796年至1820年期间，东通黄蓬湖的上、下洪湖，其水域面积尚不及今日洪湖的五分之一。洪湖的迅速扩展，是在19世纪中期：公元1833年，子贝渊溃堤，旋筑旋溃。公元1839年，洪湖诸垸沉塌殆尽。于是，上下洪湖融为一体，天围湖阔，号称百里。历年来，百里洪湖吞吐长江及荆北来注诸水，浪涛汹涌，湖水浩渺，荷花飘香，水天一色，常为骚人墨客所赞叹。